由于腰果的特殊性，目前普遍采用原始的手工腰果加工方式。其工序如下：
蒸煮：将干燥的生腰果进行蒸煮，直至果仁与果壳自动分离。
风干：将蒸煮后的生腰果自然风干。
去壳：手动操作机械开壳器，该设备由两片刀片简单组成。将生腰果置于刀片之间，然后操作操作杆。操作杆带动刀片合拢，挤压使腰果壳破裂。通过这种方法，每人每工作日（8小时内）可生产15-20公斤，腰果完整率可达90%。
烘烤：果仁与果壳分离后，对果仁进行烘烤或烹煮，以降低水分含量并使种皮松动。
去皮：人工去除种皮。每人每工作日的平均产量为9-10公斤。
挑选：根据出口质量管理和监督规定对果仁进行挑选。
湿度控制：在包装前控制果仁的湿度环境。如果包装时果仁过于干燥，运输过程中容易破碎；如果果仁过于潮湿，则容易发霉或氧化。
高温杀菌：腰果在包装前进行高温杀菌处理。
包装：腰果具有吸湿特性，因此必须避免包装的透氧性和透水性。可采用真空包装或充二氧化碳包装。
使用去皮设备的食品加工厂
腰果去壳机：在通过腰果分级机进行去壳前，根据腰果的宽度将其分为三到五个等级。产量、破损率和完整果仁率在很大程度上取决于操作人员的熟练程度。
